Emnebeskrivelse for studieåret 2022/2023

Akvagenomikk og bioinformatikk

BI311F

Beskrivelse av emnet

Emnet tar for seg grunnleggende bioinformatikk, analyse av DNA-sekvenser, sekvenssammenstillinger, BLAST, annotering av genomer, konstruksjon av fylogenetiske trær, synteni-analyse, og storskala genuttrykk-analyse.

Forkunnskapskrav

Studenten må være kvalifisert for Master i biovitenskap.

Kostnader

Ingen kostnader utover semesteravgift og pensumlitteratur.

Læringsutbytte

Kunnskap og forståelse

Studenten skal

  • Ha en oversikt over de viktigste sidene ved komparativ og funskjonell genomikk
  • Mestre essensielle bioinformatiske konsepter og ha kjennskap til de riktige bioinformatiske verktøy
  • Ha kunnskap om relevante aspekter innen molekylærbiologi og biokjemi
  • Forstå hvordan genomforskning kan brukes til å løse aktuelle problemer innen akvakultur og økologi
  • Kjenne til prinsipper for dataanalyse av storskala funksjonell genomikk data

Ferdigheter

Studenten skal

  • Ha ferdighet innen databehandling og kunne bruke ulike bioinformatiske applikasjoner
  • Vite hvordan man analyserer store DNA-sekvenserte datasett
  • Være i stand til å undersøke og forutsi strukturen i eukaryote-gener
  • Være i stand til å undersøke evolusjonære relasjoner mellom gener og genomer fra ulike arter
  • Vite hvordan du henter data fra elektroniske databaser
  • Være i stand til å få tilgang og forstår vitenskapelig litteratur tilknyttet feltet

Generell kompetanse

Studenten skal

  • Forstå og anvende genomikk og bioinformatiske konsepter knyttet til "cutting edge" havbruksforskning
  • Kunne diskutere og presentere vitenskapelige artikler i genomikk og bioinformatikk
  • Har kompetanse til å delta på forskningsprosjekter innen i bioinformatikk og genomikk

Type emne

Valgemne:

Master biovitenskap

Nordisk master i bærekraftig produksjon og utnyttelse av marine bioressurser

Undervisningsform

Samlingsbasert undervisning.

Læringsaktiviteter og undervisningsmetoder

Forelesninger, veiledning og datalab.

Anbefalte forkunnskaper

Evne til å gjøre utregninger, samt kunnskap om molekylær biologi, biokjemi er en fordel.

Emneevaluering

Hvert semester foretas minst én muntlig midtevaluering (dialogmøte med referat) og en elektronisk sluttevaluering i henhold til høgskolens kvalitetssikringssystem. Tilbakemeldingene fra disse evalueringene legger grunnlaget for eventuelle endringer.

Vurderingsordning

Sammensatt vurdering, karakterregel Bokstavkarakterer
  • Muntlig presentasjon, teller 40/100 av karakteren, karakterregel Bokstavkarakterer .
  • Oppgave - Skriftlig rapport, teller 60/100 av karakteren, karakterregel Bokstavkarakterer .

Overlappende emner

BI311F-001v1 Akvagenomikk og bioinformatikk - skoleeksamen - 5 studiepoeng.
BI311F-002v1 Akvagenomikk og bioinformatikk - laboratoriearbeid - 3 studiepoeng.
BI311F-003v1 Akvagenomikk og bioinformatikk - muntlig presentasjon - 2 studiepoeng.
BI311F-001v1 Akvagenomikk og bioinformatikk - skoleeksamen - 10 studiepoeng.

Pensumlitteratur

  • Campbell AM and Heyer LJ (2006). Discovering Genomics, Proteomics and Bioinformatics. Benjamin Cummings (2nd ed.). ISBN 0805382194.
  • Hunt S and Livesey R (2000). Functional Genomics: A Practical Approach. Oxford University Press, USA (1st ed.). ISBN 019963775X.
  • Xiong J (2006). Essential Bioinformatics. Cambridge University Press. ISBN 0521600820.
  • Brown T (2006). Genomes 3. Garland Publishing Inc,US. ISBN 0815341385

Forelesningsnotatene utgjør pensum.

Inngår i følgende studier

 

 

Master i biovitenskaphttps://www.nord.no/no/Student/studieplaner/mabioMaster i biovitenskapMastergrad iht §3, 2 år
Nordisk master i bærekraftig produksjon og utnyttelse av marine bioressurserhttps://www.nord.no/no/Student/studieplaner/marbioNordisk master i bærekraftig produksjon og utnyttelse av marine bioressurserMastergrad iht §3, 2 år
Master i biovitenskaphttps://www.nord.no/no/Student/studieplaner/2020H/Sider/MABIO.aspxMaster i biovitenskapMastergrad iht §3, 2 år
Nordisk master i bærekraftig produksjon og utnyttelse av marine bioressurserhttps://www.nord.no/no/Student/studieplaner/2020H/Sider/MARBIO.aspxNordisk master i bærekraftig produksjon og utnyttelse av marine bioressurserMastergrad iht §3, 2 år
Master i biologi og akvakulturhttps://www.nord.no/no/Student/studieplaner/2017h/Sider/MABIO.aspxMaster i biologi og akvakulturMastergrad iht §3, 2 år
Nordisk master i bærekraftig produksjon og utnyttelse av marine bioressurserhttps://www.nord.no/no/Student/studieplaner/2019h/Sider/MARBIO.aspxNordisk master i bærekraftig produksjon og utnyttelse av marine bioressurserMastergrad iht §3, 2 år

Emneansvarlig
Undervisningssemester Vår 2023
Språk Engelsk Studiepoeng 10,0 Studiested Bodø Ansvarlig fakultet
Fakultet for biovitenskap og akvakultur