Gjeldende emnebeskrivelse (sist oppdatert 2023/24)
Dybdesekvensering av lite studerte organismer
DR425F
Gjeldende emnebeskrivelse (sist oppdatert 2023/24)

Dybdesekvensering av lite studerte organismer

DR425F
Innføring i neste-generasjons sekvensering (NGS). Praktisk modul: Tillaging av DNA fragment-bibliotek og sekvensering av dette ved hjelp av Illumina NextSeq. Bioinformatikk: grunnleggende om de tekniske ressurser og ferdigheter som er nødvendige for å ta i bruk og analysere NGS-data. Analysere egne data. Teori-del: hvordan sorterer man ut et representativt utvalg fra genomet hos lite studerte arter vha Reduced Representation Libraries (RRL) og Restriction site Associated DNA (RAD). Utvelgelse av spesifikke deler av genomet for resekvensering. RNA-Seq, transkriptomikk og ikke-kodende RNA, miRNA og andre typer små-RNA fra lite studerte arter. Utviklingen av NGS i dag. Deltagerne presenterer relevante publikasjoner.
Søkere til dette kurset må være registrert som Phd-student ved Fakultet for biovitenskap og akvakultur, Nord universitet, eller andre universiteter/høgskoler i Norge eller utlandet. Maksimum 10 studenter. Ta kontakt med kursansvarlig om opptak.

Studenten/kandidaten forventes å ha følgende læringsutbytte.

Kunnskap Studenten/kandidaten skal: - ha en grunnleggende forståelse for muligheter, så vel som begrensninger, knyttet til ulike NGS-teknologier - forstå de spesifikke styrker og svakheter knyttet til ulike NGS-metoder - forstå prinsippene for hvordan man setter sammen nye genomer og transkriptomer basert på NGS-data fra lite studerte arter - forstå prinsippene for hvordan man vurderer gen-uttrykk basert på RNA-Seq Ferdigheter Studenten/kandidaten skal: - være i stand til å konstruere et genomisk bibliotek og utføre sekvensering av dette på et NGS-instrument - kunne ta i bruk grunnleggende data-verktøy for behandling av NGS-data - være i stand til å overføre store data-sett mellom ulike plattformer - være i stand til å kjøre data-script og håndtere utvidede analyse-verktøy - være i stand til å bestemme korte sekvenser sin posisjon i eksisterende genom og identifisere genetisk variasjon basert på dette Generell kompetanse Studenten/kandidaten skal: - være i stand til å angripe biologiske problemstillinger hos lite studerte arter ved hjelp av et slikt stort antall korte sekvenser, som typisk blir generert ved hjelp av NGS - kunne velge ut de mest relevante sekvenserings-teknologiene og analyse-verktøyene for å angripe en gitt biologisk problemstilling - være i stand til å formidle sentrale problemstillinger, utveksle erfaringer og holde seg oppdatert innenfor fagfeltet

Kursavgift 2500 NOK. Studenter som ikke er knyttet til Nord universitet tilbys så langt mulig rimelig overnatting på universitetets gjestehotell (kontakt Truls Moum). Studentene vil få muligheten til å analysere egne prøver under kurset, noen materialer må betales for (kontakt Truls Moum for mer informasjon). Andre kursmaterialer og små engangsutgifter vil bli dekket.
PhD i biovitenskap
Undervisning, lab-øvelser, bioinformatikk-øvelser, individuelle presentasjoner og tilbakemelding.
Evalueres av studentene gjennom emneundersøkelser. Evaluering inngår som en del av universitetets kvalitetssikringsystem.