Dybdesekvensering av lite studerte organismer
Studenten/kandidaten forventes å ha følgende læringsutbytte.
Kunnskap Studenten/kandidaten skal: - ha en grunnleggende forståelse for muligheter, så vel som begrensninger, knyttet til ulike NGS-teknologier - forstå de spesifikke styrker og svakheter knyttet til ulike NGS-metoder - forstå prinsippene for hvordan man setter sammen nye genomer og transkriptomer basert på NGS-data fra lite studerte arter - forstå prinsippene for hvordan man vurderer gen-uttrykk basert på RNA-Seq Ferdigheter Studenten/kandidaten skal: - være i stand til å konstruere et genomisk bibliotek og utføre sekvensering av dette på et NGS-instrument - kunne ta i bruk grunnleggende data-verktøy for behandling av NGS-data - være i stand til å overføre store data-sett mellom ulike plattformer - være i stand til å kjøre data-script og håndtere utvidede analyse-verktøy - være i stand til å bestemme korte sekvenser sin posisjon i eksisterende genom og identifisere genetisk variasjon basert på dette Generell kompetanse Studenten/kandidaten skal: - være i stand til å angripe biologiske problemstillinger hos lite studerte arter ved hjelp av et slikt stort antall korte sekvenser, som typisk blir generert ved hjelp av NGS - kunne velge ut de mest relevante sekvenserings-teknologiene og analyse-verktøyene for å angripe en gitt biologisk problemstilling - være i stand til å formidle sentrale problemstillinger, utveksle erfaringer og holde seg oppdatert innenfor fagfeltet